市交投集團總部內設“9部1室”，即：黨群工作部、紀檢監(jiān)察部、辦公室、戰(zhàn)略發(fā)展部、人力資源部、財務管理部、經(jīng)營管理部、企業(yè)事業(yè)管理部、安全監(jiān)管部、風險管理部，將打造成為整個集團的決策中心、投資中心、管控中心；轄下13家全資（控股）子公司（含1家上市公司）。
【內設部室】
一、黨群工作部。負責建立健全黨群工作制度和流程體系，通過黨建、精神文明建設、企業(yè)文化建設、工會管理、團委管理等工作，增強集團員工隊伍的凝聚力，促進集團穩(wěn)定和諧發(fā)展。
二、紀檢監(jiān)察部。負責建立健全集團紀檢監(jiān)察制度，通過懲治和預防腐敗體系建設、反腐倡廉宣傳教育、監(jiān)督檢查、作風建設、執(zhí)紀審查調查、效能監(jiān)察、廉政考核等工作，確保集團廉潔高效運轉。
三、辦公室。負責建立健全集團公司行政文秘制度、會議管理制度及后勤保障體系，通過會議管理、文秘管理、行政督辦、后勤管理、辦公信息化建設和公共關系管理等工作，確保集團公司日常行政工作和后勤保障系統(tǒng)運營工作有序運轉。
四、戰(zhàn)略發(fā)展部。負責建立健全集團公司戰(zhàn)略管理體系及投資管理制度流程，統(tǒng)籌協(xié)調集團戰(zhàn)略規(guī)劃制定與執(zhí)行，投資事項立項、審核及管理工作，規(guī)劃集團未來發(fā)展方向及對重大項目研究分析，推動戰(zhàn)略落地執(zhí)行。
五、人力資源部。負責制定集團人力資源的戰(zhàn)略規(guī)劃和管控體系，負責集團本部并指導下屬企業(yè)做好人才“選用育留”各項工作，實現(xiàn)人力資源的合理配置和有效提升，為集團發(fā)展提供人力資源保障。
六、財務管理部。負責建立健全集團財務管理制度體系，開展預算管理、資金管理、資產(chǎn)管理、財務分析、稅務管理等工作，統(tǒng)籌集團財務風險管控并提升資金利用效率，為實現(xiàn)公司戰(zhàn)略目標提供有效的財務保障。
七、經(jīng)營管理部。負責根據(jù)集團公司發(fā)展戰(zhàn)略建立健全經(jīng)營管理體系及相關制度流程，統(tǒng)籌集團公司經(jīng)營計劃管理、組織管控、組織績效管理，進行集團公司流程體系及信息化體系規(guī)劃及建設，開展招投標審核工作和企業(yè)工商行政管理工作，為集團公司戰(zhàn)略實現(xiàn)提供支撐和保障。
八、企業(yè)事業(yè)管理部。負責工程建設管理、公共交通運營一體化及相關服務，統(tǒng)籌集團工程項目全周期管理、工程技術管理和成本管理工作，推進集團系統(tǒng)交通運營一體化，公共服務規(guī)范化、標準化、信息化，統(tǒng)籌協(xié)調集團系統(tǒng)客服工作。
九、安全監(jiān)管部。負責建立健全集團公司安全管理體系、安全生產(chǎn)及應急管理制度流程，通過安全基礎管理、安全監(jiān)督檢查、突發(fā)事件處置及應急救援、安全宣傳教育、員工職業(yè)病防治監(jiān)管等工作，確保集團經(jīng)營活動及生產(chǎn)工作安全平穩(wěn)運行。
十、風險管理部。負責建立健全集團公司法律、內部審計、合同、合規(guī)協(xié)調聯(lián)動的全面風險管理體系，通過開展風險評估與應對、重大風險監(jiān)控、法務及合規(guī)管理、內部審計等工作，控制并降低集團公司運行過程風險，為集團公司長期、穩(wěn)定、健康發(fā)展提供保障。